こんにちわ。Wordpressモジュール使わせていただいております。
さて、静的URLの生成にトライすべくパーマネントリンクの作成を試みたのですが、
リンクの生成はうまくいったものの、なぜかパーマネントリンク化したことにより
デザインが壊れてしまいました。
何か原因は考えられますでしょうか？
あるいはトラックバックURLの文字の大きさや色を指定する場所を
お教えいただければ助かります。

一口に、デザインが壊れると言っても、要領を得ないのですが、具体的にはどのような崩れ方をしたのでしょうか？

パーマネントリンクの設定ではどのような指定をされ、結果として
どのような.htaccessの設定をされましたか？
.htaccessの設定によってスタイルシートがうまく読み込めなくなっているのかもしれませんね。
引用：

あるいはトラックバックURLの文字の大きさや色を指定する場所を
お教えいただければ助かります。

トラックバックURLは、
/modules/wordpress/theme/xxxxx/comments-template.php中の8行目あたりに、

<p><?php echo _LANG_WPCM_COM_TRACK; ?><em><?php trackback_url() ?></em></p>

という箇所で出力しています。
この＜ｐ＞タグにstyle属性を追加するなり、class指定をしてスタイルシートでスタイル指定するなりすれば、大きさや色の指定が可能です。