はじめまして、WMMと申します。

wp-layout.cssで表示の設定を行い、それを読み込むHTMLが
header.phpに記述されていると思うのですが、実際のHTMLには
cssを読み込む記述が出力されていないので、cssの設定が有効に
なりませんでした。

header.php内のob_end_clean()というのをコメントにすると出るように
なりました。ob_end_clean()はバッファの削除となっているようですが
こういう対処は正しいのでしょうか。必要に応じてob_end_cleanを削除
して使うものなのでしょうか。PHPの設定が間違っているから、このよう
な対応を取る必要があるのでしょうか。その辺がよくわかっていません。

PHPのことがほとんどわかっていないので、的はずれなことを言っている
かもしれませんが、質問させてください。
よろしくお願いいたします。

WMMさん、ようこそです。
引用：

wp-layout.cssで表示の設定を行い、それを読み込むHTMLが
header.phpに記述されていると思うのですが、実際のHTMLには
cssを読み込む記述が出力されていないので、cssの設定が有効に
なりませんでした。

header.php内のob_end_clean()というのをコメントにすると出るように
なりました。ob_end_clean()はバッファの削除となっているようですが
こういう対処は正しいのでしょうか。必要に応じてob_end_cleanを削除
して使うものなのでしょうか。PHPの設定が間違っているから、このよう
な対応を取る必要があるのでしょうか。その辺がよくわかっていません。

WordPressのスタイルシートなどの設定は、XOOPSのテーマファイル(themes/xxxx/theme.html)内のヘッダ部分に、

<{$xoops_module_header}>

という行が含まれていないとうまく動作しません。
XOOPSのデフォルトのテーマには、含まれているのですが、少々古いタイプのテーマに含まれていない事があるようです。
（いままでにも、何人かの方々から同様の症状の報告をいただいています）
上記の一行を、お使いのXOOPSテーマファイル内の

</header>

の行の上にでも追加して試して下さいませんか？