こんにちは。

0.3.0にバージョンアップさせていただきました。
0.2.3の時と同じ質問なのですが、複数モジュール設置したときのカスタマイズについてです。

現在３つのモジュールを「wordpress」「wordpress0」「wordpress1」の各ディレクトリに置いています。「wordpress1」のコメントの表示を変更したいと思い、「wordpress1/themes/fylimegreen/comments-template.php」を書き換えてみましたが、表示に反映されませんでした。（fylimegreenは使用しているテーマです）

ためしに、「wordpress/themes/fylimegreen/comments-template.php」を書き換えると、「wordpress」の表示にちゃんと反映されましたが、「wordpress0」「wordpress1」の表示も同じように変わってしまいました。

comments-template.phpの他、index-template.phpについても同じことが起きています。

アドバイスいただけるとありがたいです。

mitaさん、しばらくmitaさんのサイトにお伺いしていなかったのですが、いつの間にか小生のモジュールに完全移行いただいていたようで、身の引き締まる思いです。
引用：

「wordpress1/themes/fylimegreen/comments-template.php」を書き換えてみましたが、表示に反映されませんでした。（fylimegreenは使用しているテーマです）

申し訳ありません。
確かにcomments-templateに関しては、wordpress側に決め打ちで見に行っておりました。
これは、修正致します。
引用：

index-template.phpについても同じことが起きています。

こちらは、小生の方で確認したところでは個別のディレクトリ内での指定が効いているはずですが・・
もう少し調べてみますね！