$string = preg_replace("/^<p>([^<>]*)</p>$/m","$1",$string);

<p>の件については、XOOPSのサニタイザの置き換えHACKをすると単純なキャプション文字列などもPukiWikiレンダーを通って<p></p>が付いてしまい、場合によるとレイアウトが狂うという不具合が生じる事への対応でした。
変換結果に一番外の<p></p>以外には<>を使用したHTMLタグが存在しない場合に外側の<p></p>をはずしてやるという事をやりたかったのですが、実は正規表現の指定子が間違っておりました。ということで、</p>

$string = preg_replace("/^<p>([^<>n]*)</p>$/sD","$1",$string);

<p>に変更します。
あと、XOOPSのmodule.textsanitizer.phpでは、</p>

function &displayTarea(&$text, $html = 0, $smiley = 1, $xcode = 1, $image = 1, $br = 1)

<p>の$xcodeをPukiWikiレンダーを有効にするかどうかの判断材料にする様に変更するつもりです。=
PukiWikiLink_url に関しては、確かにPukiWikiModでは無意識のうちにアライアスのあとの：と>を使い分けていましたが、
この様なロジック変更をされていたのですね！早速取り込ませていただきました。
なお、この機能のテスト最中に、小生のXOOPSサニタイザHackで使用していたautourllinkパラメータによる処理の切り分け方が間違っておる事に気が付いたのでこのあたりも修正するつもりです。</p>
<p>ありがとうございました！</p>

class PukiWikiLink_url extends PukiWikiLink
{
	function PukiWikiLink_url($start)
	{
		parent::PukiWikiLink($start);
	}
	function get_pattern()
	{
		$s1 = $this->start + 1;
		return <<<EOD
([[             # (1) open bracket
 ((?:(?!]]).)+) # (2) alias
 (>|:)            # (3) separator
)?
(                 # (4) url
 (?:https?|ftp|news)://[!~*'();/?:@&=+$,%#w.-]+
)
(?($s1)]])      # close bracket
EOD;
	}
	function get_count()
	{
		return 4;
	}
	function set($arr,$page)
	{
		list(,,$alias,$separator,$name) = $this->splice($arr);
		$this->separator = $separator;
		return parent::setParam($page,htmlspecialchars($name),'','url',$alias == '' ? $name : $alias);
	}
	function toString()
	{
		if ($this->separator == ">")
			return "<a href="{$this->name}">{$this->alias}</a>";
		else
		{
			$target = "";
			if ($target = PukiWikiConfig::getParam('link_target'))
				$target = " target="{$target}"";
			return "<a href="{$this->name}"{$target}>{$this->alias}</a>";
		}
	}
}

<p>あと気になる点がひとつありました。これは以前からあったのですが、PukiWikiRander.php 中の _fix_table_br()関数の中に</p>

$string = preg_replace("/^<p>([^<>]*)</p>$/m","$1",$string);

<p>がありますが、この場合だと</p>

<p>aaa</p>
<p>bbb</p>

<p>とレンダリングされた場合に</p>

aaabbb

<p>となってしまうので、私は次のようにしてみました。</p>

$string = preg_replace("/^<p>([^rn]*)</p>$/","$1",$string);

<p>※ r はいらないかも？</p>